在穆里尼奥就赛程问题与西班牙足协和电视转播机构大打口水战的时候，皇马内部也出现了波澜，由于迟迟无法与佩佩达成续约协议，据周三的《马卡报》报道，皇马已经给葡萄牙国脚送去了“最后通牒”。
《马卡报》表示，耶罗的告别一度留给皇马后防一个无法填补的空洞。皇马引进过萨穆埃尔等等一流中卫，但却始终没有找到合适的耶罗替代者，直到佩佩的出现。葡萄牙国脚的身价确实很高，达到3000万欧元，但一场一场比赛，佩佩都证明，自己是世界上最好的中卫之一，是适合皇马的球员。如果从竞技能力的角度来说，那么谁都不会反对皇马与他续约。伯纳乌为何要放走一位世界一流的球员？这个问题可以问所有的皇马球迷，大家的答案都是不放人。球员要求符合他的作用的报酬也很正常，当然，俱乐部方面也有自己的考虑。
一方面，佩佩的要求确实有点高，佩佩与皇马的合同到2012年夏天结束，皇马与他的续约谈判进行了很长一段时间了，但迟迟无法取得进展，皇马愿意将他的年薪从目前的税后150万欧元增加到350万欧元，与阿隆索、伊瓜因这些球员处于同一个水准，然而佩佩狮子大张口，提出了税后450万欧元的天价要求。为了达到目的，佩佩还搬出了国米、曼联甚至巴萨作为要挟，而皇马显然无法满足佩佩这样的高要求。据周三的《马卡报》报道，皇马已经给佩佩下了最后通牒：“350万欧元税后年薪，你要么就接受，要么续约的事情就到此为止。”皇马俱乐部高层表示，不可能让佩佩赚钱比球队的绝对核心阿隆索还多，因为那样的话将引发更衣室工资等级的混乱。
皇马内部还有人表示，佩佩加盟皇马之后，尽管在球场上显得勇猛，但也不能将其归类到稳健后卫的行列，尽管伯纳乌的球迷挺喜欢他，但葡萄牙籍的巴西人容易伤病，在场上的怪脾气以及一些莫名其妙的失误会让皇马付出代价。对赫塔菲的比赛那次那次著名的恶意伤人，甚至让他遭受停赛10场的处罚。本赛季穆里尼奥重组皇马后防线，两位葡萄牙同胞佩佩和卡瓦略的组合成为了穆帅的首选，但佩佩的脾气并未收敛，对拉科的比赛的第60分钟得到的，葡萄牙国脚在死球的情况下，从身后一把推倒拉科鲁尼亚中场推到罗德里格斯，被当值主裁出示黄牌，在裁判报告中，主裁写的是“佩佩在无机会时，采取无礼的举动”。尽管这张黄牌现在被西班牙足协竞赛委员会取消，但佩佩的所作所为还是让皇马高层担忧。
“佩佩离不开皇马，皇马也需要佩佩。佩佩在场，皇马在高空球方面表现更好，对对手的压迫也更多，皇马也不担心身后的空间。有佩佩在，皇马抢断更迅速，进攻也更具威胁。”穆里尼奥一直敦促皇马与佩佩续约。此前有媒体报道说，最近几个月穆里尼奥为佩佩续约的问题不断对皇马高层施加压力，而葡萄牙能量巨大的经纪人门德斯也施展自己的强大能力，双重作用之下，佩佩续约一事出现了明显的转机。现在看来情况并非如此。
据悉，皇马主席弗罗伦蒂诺对佩佩很不满意。不久之前两人就发生过一次争执，当时弗罗伦蒂诺对佩佩表示：“佩佩，你要的钱太多了点，而且你受伤太多，错过了很多比赛。”没想到葡萄牙中卫立即反驳说：“什么？我错过了很多比赛？你可别这么说，主席，你看看卡卡错过的比赛还少吗？”佩佩当面讽刺弗洛伦蒂诺买进的6700万先生卡卡，让皇马主席下不来台，两人关系因此破裂。弗罗伦蒂诺希望拉莫斯能在中路担当重任，他甚至对拉莫斯表示：“塞尔吉奥，你完全可以成为新耶罗！”然而，在穆里尼奥手下，拉莫斯的主力地位得不到保证。
曼联、阿森纳、曼城、AC米兰、国际米兰这五大豪门现在都对佩佩感兴趣，他们都在静观其变，准备相机而动。皇马要想再把佩佩卖出3000万欧元的高价不太可能，但收入也不会太低，与此同时，皇马也列出了蒂亚戈·席尔瓦等目标。不过皇马总经理巴尔达诺相信，佩佩最终还是会留下，“他的续约问题和伊瓜因的续约问题差不多，我想问题最终会得到解决。”
